home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ BCI NET 2 / BCI NET 2.iso / archives / demos / misc / prosite.lha / Prosite / data / PDOC00043 < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1995-03-04  |  4.4 KB  |  82 lines
  1. ********************************************************
  2. * Bacterial regulatory proteins, lysR family signature *
  3. ********************************************************
  4.  
  5. The many bacterial transcription regulation proteins which bind DNA  through a
  6. 'helix-turn-helix' motif can  be  classified into subfamilies  on the basis of
  7. sequence  similarities.  One of these subfamilies, called 'lysR' [1,2], groups
  8. together the following proteins (references  are  only  provided  for recently
  9. determined sequences).
  10.  
  11.  Gene   Gene(s) regulated                    Species                      Ref.
  12.  ----   -----------------------------------  ---------------------------  ----
  13.  alsR   aslSD; acetoin synthesis             B. subtilis
  14.  ampR   ampC; cephalosporinase               E. coli, C. freundii, etc.
  15.  blaA   blaL; beta-lactamase                 Streptomyces cacaoi
  16.  catM   CAT operon; catechol degradation     Acinetobacter calcoaceticus
  17.  catR   catBC operon; benzoate degradation   Pseudomonas putida
  18.  cynR   cynTSX operon; cyanate               E. coli                       [3]
  19.  cysB   Cysteine biosynthesis regulon        E. coli
  20.  gcvA   Glycine cleavage operon              E. coli
  21.  gltC   gltAB; glutamate biosynthesis        Bacillus subtilis
  22.  grbR   chvE; sugar transport                Agrobacterium tumefaciens
  23.  iciA   Inhibitor of chromosomal initiation
  24.         of replication                       E. coli                       [4]
  25.  ilvY   ilvC; ketol-acid reductoisomerase    E. coli, S. typhimurium
  26.  irgB   irgA; iron-regulated virulence       Vibrio cholerae
  27.  lysR   lysA; diaminopimelate decarboxylase  E. coli
  28.  metR   metEH; methionine biosynthesis       E. coli, S. typhimurium
  29.  mkaC   spvABC; virulence of a 96 Kd plasmid S. typhimurium
  30.  mleR   Malolactic fermentation              Lactococcus lactis
  31.  nahR   Naphthalene/salicylate metabolism    Pseudomonas putida
  32.  nhaR   nhaA; Na(+)/H(+) antiporter          E. coli
  33.  nocR   noc operon; nopaline                 Agrobacterium tumefaciens
  34.  nodD   nodABCFE; nodulation                 Rhizobium
  35.  nolR   nod regulon; nodulation              Rhizobium                     [5]
  36.  occR   occ operon; octopine                 Agrobacterium tumefaciens
  37.  oxyR   Hydrogen peroxide-inducible genes    E. coli
  38.  pssR   Phosphatidylserine synthetase (?)    E. coli
  39.  rbcR   rbcAB; RuBisCO                       Chromatium vinosum
  40.  syrM   Nodulation genes                     Rhizobium meliloti
  41.  tcbR   tcbCDEF; chlorocatechol degradation  Pseudomonas sp. strain p51
  42.  tdcA   tdcABC; threonine metabolism         E. coli
  43.  tfdS   tfdB                                 Alcaligenes eutrophus
  44.  trpI   trpAB; tryptophan synthase subunits  Pseudomonas aeruginosa
  45.  
  46.  cfxO   Probably cfxLS; RuBisCO              Xanthobacter flavus
  47.  leuO   Not known; between leuABCD & ilvIH   E. coli
  48.  yafC   Not known; coded downstream of rrnH  E. coli
  49.  yeiE   Not known; coded upstream of lysP    E. coli
  50.  yfeB   Not known; coded downstream of gltX  E. coli
  51.  yfiE   Not known; coded upstream of ung     E. coli
  52.  yidZ   Not known; coded upstream of tnaB    E. coli
  53.  
  54. Most, but not all, of these  proteins seems to be transcription activators and
  55. most of them are known to negatively regulates their own expression.  They all
  56. possess  a  potential 'helix-turn-helix' DNA-binding motif in their N-terminal
  57. section. The pattern we use to detect these proteins spans the complete helix-
  58. turn-helix motif and extend six residues upstream of its C-terminal extremity.
  59.  
  60. -Consensus pattern: [LIVMFYT]-x(2)-[STGALV]-[STA]-x(5)-[PSTA]-[PNQHKR]-x(2)-
  61.                     [LIVMA]-[STA]-x(2)-[LIVMFW]-x(2)-[LIVMFW]-[RKEQA]-x(2)-
  62.                     [LIVMFYNT]
  63. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  64. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 11.
  65.  
  66. -Expert(s) to contact by email: Henikoff S.
  67.                                 henikoff@sparky.fhcrc.org
  68.  
  69. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  70.  
  71. [ 1] Henikoff S., Haughn G.W., Calvo J.M., Wallace J.C.
  72.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 85:6602-6606(1988).
  73. [ 2] Viale A.M., Kobayashi H., Akazawa T., Henikoff S.
  74.      J. Bacteriol. 173:5224-5229(1991).
  75. [ 3] Sung Y.-C., Fuchs J.A.
  76.      J. Bacteriol. 174:3645-3650(1992).
  77. [ 4] Thoeny B., Hwang D.S., Fradkin L., Kornberg A.
  78.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 88:4066-4070(1991).
  79. [ 5] Kondorosi E., Pierre M., Cren M., Haumann U., Buire M., Hoffmann B.,
  80.      Schell J., Kondorosi A.
  81.      J. Mol. Biol. 222:885-896(1991).
  82.